本課程的主要方向在於，為二、三、四年級學生，提供一個有關科學本質的全面理解。主要的教學內容分為四個方向：一是「科學知識論」。在這個方向裡，我們所企圖強調的重點在於說明「科學」的發展過程，其中包含有關「歸納法」、「實證法」、「假證法」以及「歷史學派」等不同檢驗科學本質為何的方法論。其次是延續這個方法論所引發有關科學理論本質為何的「形上學」討論。在「科學形上學」這個方向裡，我們將強調「實在論」與「實證論」在歷史發展過程中所顯現的論證與交鋒。在此二者的互動中，我們可以感受「科學是否為真」這個問題在現今社會中所具備的價值。因此，在「科學倫理學」中，我們將從科學對於人文精神所引發的倫理含意，來檢視科學在擴展其領域時所包含的限制。最後，我們也基於「非西方文化」傳統的脈絡，針對有無可能發展出「中國科學哲學」，嘗試性地作一些說明。
整體而言，科學方法論的目的，在於呈現知識的本質。也是因為這個目的，所以本門課程將從理論的部分著手，融合哲學論述，以期能夠顯現建構知識的重要與意義。